在微濾中，不需對膜進行清洗就可達到足夠高滲透通量的原料液過濾過程幾乎是沒有的，而清洗方法要根據引起滲透通量降低的污染的類型來選擇。膜過濾中存在的各種阻力，清洗的必要性取決于主要的阻力來源。在絕大多數理想過濾操作中，滲透通量下降僅是由于膜上面形成了一層稀松的沉積層，因而可以釆用簡單的機械方法將其除去，比如，通過全開截流閥瞬時降低膜兩側的壓力差，或用一些干凈的滲透液、氣體或其他液體對膜進行反洗。在許多應用場合下，甚至同時使用這幾種機械方法，以達到清洗效果。對于用截流閥控制膜兩側壓力差的方法，開大閥門可以增大錯流速度并同時降低膜兩側的壓力差，因此是一種有效的清洗膜的方法。當降低膜兩側的壓力差或反沖洗時，過濾過程被打斷，隨著過濾的再次恢復，滲透通量會明顯增大，并漸漸降低，然后進行下一次清洗。產生的“鋸齒狀”的滲透通量曲線如圖10-27所示。

這種清洗方法對于膜面上靜止的、不含有機物和凝膠狀物質的礦物類沉積層有很好的效果，但是對于膜孔內的顆粒吸附和堵塞則作用并不明顯。如果發生顆粒在膜內的沉積，則在絕大多數情況下反沖洗是無效的，但它也許對大孔的清洗效果明顯。在絕大多數微濾過程中，膜孔徑有一定分布范圍，而膜上的大孔在滲透液流動的過程中起實質作用，此時反沖洗的方法仍然是有效的。然而，如果變形顆粒或凝膠顆粒可以隨著滲透液進入膜內，并發生有機物吸附，則必須使用化學清洗法。